一般来说，最大的微生物风险与饮用了被人类或动物（包括鸟类）粪便污染的水有关。 粪便可能是致病性细菌、病毒、原生动物和蠕虫的来源。
在制订饮用水在微生物方面的卫生安全 目标时，粪源病原体是主要关注的问题。水 中的微生物常常变化很快且变化范围很大。 致病微生物浓度在短期内达到峰值可能大大 增加疾病感染的风险并可能引起水源性疾病的暴发。而且，当微生物污染被检测到时，很多 人可能已经被感染于其中了。由于这些原因，我们不能仅依赖于末端检测（即使是频繁地进 行检测）来确保饮用水在微生物方面的安全。
《饮用水水质准则》各章节在确保饮用水安全方面的相互关系
应重视建立水安全框架和实施全面的水安全计划，以始终确保饮用水的安全，从而保护 公众健康（见第４章）。如果不能有效保障饮用水的安全，就可能使社区面临肠道疾病或其 他传染性疾病暴发的风险。水源性疾病的暴发是特别要避免的，因为其可能会导致大量人 群同时受到感染，患病人数可在整个社区中占很高的比例。
除了粪源病原体，其他微生物风险，如几内亚虫，有毒蓝藻和 军团菌，在特定情况下，也可能危害公众的健康。
虽然水可能是传染性生物的一个非常重要的来源，一些水源性疾病也可通过其他途径 传播，包括人与人的接触，食物的摄入、飞沫以及气溶胶。在没有暴发水传播性疾病时，这些 途径可能比水传播途径更重要。
除了粪源病原体，其他微生物风险，如几内亚虫，有毒蓝藻和 军团菌，在特定情况下，也可能危害公众的健康。
虽然水可能是传染性生物的一个非常重要的来源，一些水源性疾病也可通过其他途径 传播，包括人与人的接触，食物的摄入、飞沫以及气溶胶。在没有暴发水传播性疾病时，这些 途径可能比水传播途径更重要。
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