针对集水区进行有效管理有许多优点。通过减少水源污染，从而减少了需要处理的环节，也会减少水处理产生的副产物并降低运行成本。 

１）有害物的识别
      了解原水水质变化的原因非常重要，因为它将影响对水处理工艺的要求、处理效率以及最终产出饮用水的健康危害性。通常，原水水质受天然因素和人为因素两方面的影响。重要的天然因素包括野生动植物、气候、地形、地质和植被等情况。人为因素包括点源（如废水排放）和非点源（如地表径流）。例如，市政废水排放是病原体的重要来源；城市径流和家畜养殖可以带来大量的微生物污染；人类休闲娱乐活动可以是粪便污染的来源；以及含有农用化学品和肥料的农业径流，这些都可以增加水处理工作的难度。
      不论是从地表还是从地下取水，重要的是要了解当地集水区或地下含水层的特征，并要识别引起水污染的根源并加以管理。集水区可能造成污染的活动能减少到什么程度，会受到水源竞争以及集水区开发压力的制约。然而，在土地利用和有害物控制上采用合适的操作往往是可行的，而不必严格限制一些活动。在各利害相关者之间开展合作可能是一种很有力的措施，既可以减少污染又不会减少发展的效益。
       水资源和水源保护是保护饮用水水质的第一道防线。当集水区管理工作超出了饮用水供水单位的管辖权限范围时，控制措施的规划与实施就需要与其他机构进行合作。这里包括计划主管部门、集水区、环境和水资源、道路管理部门，处理突发事件机构以及农业、工业和其他商业部门，他们的活动都可能影响水质。也许在开始不大可能开展水资源和水源保护的所有方面，但应优先开展集水区的管理工作。这样，能使多个利益相关机构对饮水资源共同负责，评估污染风险，并制订改进管理工作计划以减少这些风险。
      从地下深部承压含水层抽取的地下水，通常在没有直接污染的情况下，其微生物方面是安全的，且化学成分也比较稳定。然而，浅层的非承压含水层可能受到农业活动排放或渗漏产生的污染（如病原体、硝酸盐和农药），以及受到当地卫生设施和污水处理（病原体和硝酸盐）和工业废物的污染。

        ２）控制措施

        有效的资源和水源保护包括以下要素：
        ● 制订和执行集水区管理计划，包括保护地表水和地下水水源的控制措施；

        ● 保证在制订规章时内容包括对水资源的保护（土地利用计划和流域管理），避免潜在的污染活动，并加以强制执行；

        ● 提高社区成员的认识，意识到人的活动对水质的影响。
       当有多个水源可以利用时，可以灵活地选择用哪个水源来处理和供水。这样就可以避免从质量不好的河流中取水（如大雨之后），以减少风险并防止在后续处理过程中可能出现的问题。在水库中存放的水，由于沉降和灭活作用，包括阳光（紫外线）消毒，可以减少粪便微生物的数量，但也增加了污染物进入水体的机会。大多数来源于粪便的病原微生物（肠道病原体）在环境中不能无限期的存活。实际上肠道细菌经过几周时间将相继死去。肠道病毒和原虫存活时间较长（数周到数月），但常因沉降作用和与土著微生物的对抗而被去除。水的滞留也使悬浮物沉降，使后续的消毒作用更有效并减少消毒副产物（ＤＢＰ）的形成。 地下水水源的控制措施应包括保护含水层和钻孔周围免遭污染，并保证钻孔的完整（地表面加封，套管完整无损等）。