为了确保反渗透处理系统正常、可靠地运转，需要对工艺系统操作运行的工况条件加以控制，具体控制要素包括以下几个方面。
(1)pH值
不同材质的反渗透膜具有不同的pH值适用范围。如醋酸纤维膜的pH值适用范围为3～8，芳香聚酰胺膜pH值范围为4～10。料液的pH值超出膜的使用限定范围时，将会对膜产生水解和老化等有害作用，引起产水量下降，并造成膜的性能的持续性降低、直至膜的损坏。
(2)温度
反渗透过程中，料液温度随操作的进行会有所提高。在一定范围内，温度升高引起料液黏度的降低，有利于反渗透产水量的增加，通常温度增加1℃，膜的透水能力约增加2.7％。商品膜所标注的膜透水能力一般为水温在24～25℃的数据值，需通过校正系数推算工况温度下的实际透水能力。应注意的是，操作温度不可超过膜的耐热温度，否则将影响膜的使用寿命。
(3)预处理处理料液的pH值、所含悬浮物及微生物量的高低等。都会影响反渗透的效果，因此必要时需对原水采取行之有效的预处理措施，如pH值调节、过滤、消毒等，以充分发挥反渗透的工作效率。
(4)操作压力
在反渗透过程中，维持和提高操作压力有利于提高透水率，并且由于膜被压密，盐的透过率会减小。但操作压力超出一定极限时，由于膜压实变形严重，会导致膜的透水能力衰退和膜的老化。因此，应根据实际处理料液和所选反渗透膜的耐压性能，选择适当的运行操作压力。
(5)膜组件的清洗效果
膜污染是反渗透运行中必然产生的一种影响系统正常运行的现象。即使在操作之前对料液进行预处理，也不能完全消除膜的污染，膜污染产生后，轻则引起产水量及除盐率下降，重则对膜的寿命产生极大影响，甚至造成处理系统运行瘫痪。因此，需要根据实际情况定期对膜组件进行清洗。
因此，根据不同的污染物确定其清洗工艺时，要考虑到膜所允许使用的pH值范围、工作温度及其膜对清洗剂本身的化学稳定性。
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